本北極殿玄天上帝俗稱上帝爺公或上帝公即道教所宗真武大帝，足踏龜蛇右手執劍左手印訣，據傳係在武當山得道之真武上將也，上帝公神像壹尊早隨先民於清乾隆16年即辛未歳（西元1751年），據南保北極殿古碑記載「補清軍府，台灣縣正堂加八級，軍功加一級，紀錄四次沈縣長保禎出示曉喻事」。為得是上帝公祭祀公業糾紛案，向社民徐福、卓烏厘、邱仕成等及林家、陳家、李家等田園界址，及納谷繳銀換契等等。其時間在光緒13年7月間判決結案，由當時案証可見上帝公入境已歷悠久之春秋矣，當初大上帝奉祀鎮殿，後分二上帝鎮守歸仁南里頂保一社，又再分三上帝，鎮守下保社，當其時二上帝蒞臨六甲社地方，尚未建廟宇，只好暫駐林家祖厝，受民眾爐下參拜，由此香火日益旺盛，靈威顯著四方，凡有請求必獲庇佑得遂願，至民國75年丙寅三月，正值上帝公繞境出巡，隨駕村民男女，先鋒宋江爺盛大隊伍，游巡八方完畢時，突然臨時上帝公聖駕大發，大輦衝前，御駕親瞻林家龍眼園，踏擇廟地，臨時由爐主耆老，趨前請示擲笅杯另占卜事宜，果然連得三次奇異竪杯，真不可思議指示，此處則是神基龍穴吉地，旋由上帝公旨意，擇定民國75年丙寅歳，諏吉動土鳩工興建，迄民國80年辛未歳10月竣工擇吉落成。地址：台南市歸仁區六甲里民生十二街59巷1號