清水宮沿自清領時期，唐山人來歸仁南保工作，工作完畢欲將所攜之「清水祖師」帶回中國，誰知神像自動跳出行李箱，經請示「願留台灣」，該人士將其送與黃姓住戶奉拜，直至日治時代。二次世界大戰結束，神靈顯威，村中信徒每有難事請示，均能得祖師公之保祐，信徒大增，成為公佛，由村中輪流安位奉香。後來黃智先生當選村長（保正）時，捐地建造簡易神壇，於民國七十年募款重建，後首次建醮，經過十餘年，民國八十四年再次建醮，至今南保村信徒有三、四仟戶之多，於黃淵上村長任期管理期間，改委員制度、財產登記，寺廟委員會正名為「清水宮」。